近亲结婚所生孩子患遗传性疾病的风险比非近亲结婚者大得多。

近亲为什么会使后代的遗传性疾病发病率增高呢？因为生物的遗传是通过基因传递信息来完成的。基因是遗传的物质基础，通过生殖细胞传给后代，从而使父母的性状特点在子代得以表达。

每个子女与父母之间的基因有l/2可能相同；所有同胞兄弟姐妹之间的基因也有1/2可能相同；爷孙、叔侄、舅甥等之间有1/4可能相同；而表姐妹、堂兄妹等之间则有1/8可能相同。某些遗传性疾病，致病基因是隐性的，如果双方中一方带有这种基因，而另一方不带，则致病基因可被掩蔽，于是后代不发病。只有当夫妇双方都携带这种隐性基因，后代才会发病。因此，近亲结婚使隐性遗传病发病的机会增高，如白化病、先天性聋哑；小脑畸形、苯丙酮尿症、半乳糖血症等；还可以使多基因遗传病发病率增高，常见的有脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等。